국제축구연맹(FIFA)의 규정을 적용하고 11인제 정신지체 축구부문, 7인제 뇌성마비, 5인제 시각장애축구 부문으로 실시된다. 축구경기는 토너먼트식으로 하되, 참가 팀수에 따라 리그전으로 실시하기도 한다. 1회전부터 결승전까지 무승부일 경우에는 연장전 없이 승부차기로 승부를 결정한다.

정신지체
전후반 각 20분, 휴식시간 10분

뇌성마비
전후반 각 30분, 휴식시간 15분 한팀은 7인으로 구성되고 선수는 C5, C6, C7, C8 등급 선수만이 출전할수 있다. 각팀중 적어도 한명은 C5또는 C6등급의 선수가 경기에 임하고 있어야 한다. 그렇지 못할 경우 참가선수의 수는 6명으로 제한된다. 경기중 C8등급 선수는 최대 2명이다.

시각장애
전후반 각 20분, 휴식시간 10분 경기장은 펜스로 둘러싸여 있는데 이유는 반복적인 드로우인으로 경기가 지연되는것을 방지해 경기가 원활하게 진행되기 위함이다. 공에는 특별히 내재된 음향장치가 있는데, 이는 움직임을 예측할수 있게하고 선수들의 안전을 확보하기 위함이다. 한팀은 5명으로 구성되는데 4명의 완전히 시력을 잃은 시각장애인(B1)과 시력이 있거나 시각장애인(B2나B3) 한명의 골키퍼로 구성한다. 골키퍼는 과거 5년동안 축구협회에 소속되지 않은 선수여야 한다.

정신지체축구는 '99전국정신지체인 축구선수권대회 4위 이내 팀만이 참가하고 경기시간은 전·후반 각 20분씩 40분간이고 휴식시간은 10분이다.뇌성마비축구는 한 팀당 7명으로 구성되고 남녀 혼성이 가능하며 남녀구성비의 제한은 없다.

경기시간은 전·후반 각 30분씩 60분간이고 휴식시간은 15분이다. 일반 축구장보다 작은 세로75m, 가로55m 규격의 경기장에서 실시된다. 중증 장애인 5등급, 6등급 선수가 항상 포함되어 있어야 한다. 일반축구와 별 차이는 없지만 오프사이드 규칙이 없고, 언더핸드 드로우 인이 가능한 것이 예외규정이라 할 수 있다.